手术治疗
手术切除盆腔表面的子宫子宫内膜异位症病灶可以改善盆腔的毒性环境，但同时会导致卵巢储备功能不可逆的降低，术后一年的妊娠率仅为10%-30%，效率相对较低。对于无症状的卵巢巧克力囊肿，应充分评估患者的卵巢储备、可能对卵巢造成的损害以及患者的耐受性，然后再建议是否需要手术。
药物
但单独使用GNRHa会抑制排卵，医院医生也不主张单独使用，即使是做试管婴儿，也多用于预处理。据有关资料显示，在体外受精前2～6个月应用GNRHa，不仅有利于体外受精培养优质胚胎，而且可以提高胚胎着床率，降低流产率。
使用促排卵药物时，剂量越大，取卵数量越少。这会对患者的心理造成影响，使患者认为自己的身体状况变差，成功分娩的机会渺茫。但数据显示，与单纯输卵管因素的患者相比，这类患者的临床妊娠率相近，流产率也较低。需要对婴儿进行心理辅导，使患者在最佳心理状态下接受治疗。
试管婴儿治疗
可以说，试管婴儿治疗是目前子宫子宫内膜异位症患者怀孕的主要方法。据试管婴儿医院统计，子宫子宫内膜异位症患者的试管婴儿成功率略低于单纯输卵管因素的患者。子宫子宫内膜异位症患者，尤其是中重度患者和做过手术的患者，卵子可能相对较少，但这并不影响他们的怀孕成功率。